Neuere Studien haben bereits gezeigt, dass die Darmflora eine Rolle bei Colitis ulcerosa spielt. Jeder Mensch besitzt eine individuelle Darmflora, was bedeutet, dass die Zusammensetzung von Mikroorganismen, die den Darm bewohnen, von Mensch zu Mensch verschieden sind. Es gibt jedoch Gemeinsamkeiten, so dass festgestellt werden konnte, dass bei vielen Colitis ulcerosa-Patienten die Darmflora aus dem Gleichgewicht geraten ist. Derzeit ist noch nicht klar, ob die Darmflora aufgrund der Erkrankung verändert ist oder ob die veränderte Darmflora bei der Entstehung der Erkrankung eine Rolle spielt. Was jedoch gezeigt werden konnte, ist, dass Colitis ulcerosa-Patienten davon profitieren können, wenn ihnen die Darmflora eines gesunden Spenders übertragen wird. Bei dieser sogenannten Stuhltransplantation wird der Stuhl des Spenders verdünnt, grob gefiltert und anschließend mit einem Einlauf in den Patienten eingeführt.